沈一贯见皇上犹豫不决心里很着急。
说实话他一直想成为内阁首辅接替张居正处理国家要务。但皇帝不同意，他有些急上前拱手道：
“陛下，张居正身患重病已无法为国无力，还是早点把他放了吧？”皇上看了他一眼，此时他想到了慈圣皇太后，摇了一下头把笔放回笔筒：“罢了，罢了，让他继续留任吧。”沈一贯只好把皇帝没有批示的文书退回到到张居正手里。
张居正是内阁首辅，自从神宗皇帝十岁登基一来就一直执掌政权，直到皇上过了十八岁还一直没有松手。对于这个老臣，神宗也颇感无奈。这次申请辞退也是无奈，张居正身患重病也知到了该退下的时候。除了病痛之外还有时局也不容许他休息，清丈田亩的计划还末有最后完成，向全国推行一条鞭法的诏令才刚刚发出，北部边疆仍需时时警惕，边将的更替要他去协调。
这次辞呈是回乡养病，但他悲切的恳求没有打动神宗。数日之后，昏迷数日的张居正在北京寓所辞世而去。他末能实现生还江陵故里的愿望。听说张居正要死了，神宗赶快带着二宫皇后众嫔妃急急赶到居正寓所。听说皇上要来，居正硬要下榻迎接，怎奈有气无力挣扎了几下没有翻动一下身。弥留之际，神宗皇帝向他承诺说道：
“先生功夫，朕无可为酬，只是看顾先生的子孙便了。”
死后的排场，神宗为他安排的很周到：下诏罢朝数日致哀，追封张居正为上柱国，赐谥文忠公。司礼太监护丧事，内阁大臣。锦衣卫指挥护灵柩归葬江陵。
张居正死后，神宗终于可以做名副其实的皇帝了。以前出于对他的尊重和敬畏，现在这一切都不存在了。相反。他对往昔所受的压抑逐渐萌生了报复心理。他看不惯威福自专不可一世的冯太监趁机下诏逮捕治罪抄没其家。这冯太监是张居正生前政治上的主要支持者，冯保的倒台揭开了弹劾张居正的序幕。这正中了沈一贯这一批反对改革的大臣和贵族的心意。他们纷纷起来指责他独载专政，目无皇上，这些攻讦正好触动了神宗深处的痛处。他终于要在张居正死后给这位威权震主的大臣以严厉的报复。于是不久，考成法被取消了，居正裁汰的冗官又大都恢复了原职。
神宗下诏追夺张居正的上柱国封号和文忠公谥号。次年四月，又下诏查抄张居正家产，把他的子孙发配到边地充军。在刑部尚书潘季训的乞求上，神宗才应允留下空宅一所。田十倾以赡养张居正的八旬老母。
对于儿子的做法，慈圣太后心里非常哀痛，但她年老体衰对孙子的做法也无可奈何。只好把心思放在拜佛读经上，没了张居正和慈圣太后的干涉，神宗的胆子是越来越大。他现在可以公开的派太监到全国各地充当矿监为自已捞钱了。这些矿监每到一处不论有无矿藏都强编富户为矿头，收集游民为打手，勒逼贫民做苦役，搅的富者破家，农民丧失生计。
这一现象让身为左庶子的叶向高看在眼里急在心里，他的一颗赤诚之心开始躁动了。他上书给神宗并引用东汉西王府积聚钱财招致天怒人怨的故事，恳求皇上停罢矿监税使给百姓以活路。但由于他人微言轻，也可能是触犯了某些人的利益。他的谏书没有被报知皇上。
张居正死后不久，沈一贯很快被提升到内阁首辅大臣。他收到叶向高的请谏书以后只是笑了笑压在手下，吏部尚书顾秉谦正好这天到他公所做事。二个人坐在大堂之上谈笑风声，顾秉谦见他如此开心笑问有何喜事。沈一贯把信往他面前一推，说道：
“小小的一个左庶子对局势挺关心的。”顾秉谦一见：“这不正是叶向高所书的谏信吗？”沈一贯点了下头：“没错，自他去了南京任左中充后就有了一些忧国忧民之心，所写言辞也很激烈，只怕皇上见了心里不舒服。”顾秉谦呵呵一笑：
“这小子年轻气盛不识好歹。他难道不知张居正死后被抄家的事情吗？还如此明目张胆写谏书，矿监税使之事这可都是皇上安排的。我们这些做臣子的有何办法？”沈一贯听了一笑：“难得一片赤诚之心，这谏书就压下来不报皇上了。”顾秉谦哦了一声：
“卑职明白沈大人之意。但皇上还是喜欢这个张居正的？”沈一贯嗯了一声：“这事我晓得，我这样做。也是对他好。只怕这封谏书到了皇上那里会被误解，不过，你吏部尚书可以照顾他一下。”顾秉谦点了下头：
“明白大人之意。卑职告辞，日后在来拜会。”沈一贯送走顾秉谦后回到内堂就把叶向高的谏书放进了书柜夹层里。顾秉谦回到住处就往南京方向发了一个涵，没过多久，叶向高被提升为南京礼部右侍郎。在这里他一任就是好几年，顾秉谦见他还算安份就又把他改任吏部右侍郎。
升官之后的叶向高忧国忧民的心又开始萌芽。这日闲来无事，带着二个书僮化装成一个算卦的先生扛着招牌从吏部府出发了。三个人出了大堂之门由西往东走了去，阳光明媚的南京城人来车往。出了城后很快来到一个庄园，几个人走在田园林中欣赏风景，叶向高还时不时喊二句：“算卦，不准不要钱。”他的喊声引起庄园主的注意，他让一个仆人跑来把叶向高找了进去。叶向高问他出了什么事？庄主说他这几天眼皮老是跳，似乎要发生什么灾。叶向高问他是哪只眼皮跳，他说是右眼跳，叶向高叹了一口气：<