二月初六，李俊率军攻打苏州府刘家港，烧毁朱国治准备的小船三十多艘，其余船只皆俘虏而去。朱国治大怒，把这一切都算在管效忠身上。认为若不是管效忠迟疑不决朝廷不会有如此败仗，自己的妙计也不会付之东流，这个管效忠当真无能。当夜便上书参奏管效忠“畏敌如虎，怯战遁走”。
也就是在同一天，管效忠收到了李存真率领上百艘战船，七千多战兵逆江而上的消息。不久又听说李存真已经在镇江登陆。管效忠听了大惊，急忙派人证实消息的可靠性。得到肯定回答后，管效忠立刻率军返回镇江。
期间，朱国治又来建议偷袭崇明。管效忠怒道：“现在没了船只如何过了江去？况且，李存真偷袭镇江，家里岂能没有防备。崇明哪里是那么好打的？海逆朱成功就顿挫城下。如果我们攻打崇明久攻不克，江宁危矣。”说罢，也不理朱国治的反应，率军回援镇江。
由于是走陆路，耽搁时日，军队还没到镇江就又传来镇江失守的消息。据说是李存真早就命人混进镇江城中，半夜打开城门，镇江就此丢失。
镇江一失，南京震动。郎廷佐使快马送信飞报管效忠，要管效忠火速率军回救江宁。管效忠怕重蹈梁化凤的覆辙，使李存真以逸待劳之计得逞便没有催促士兵急行军赶回江宁。管效忠以为江宁城高池深，城中守备充足，城墙高大厚实无懈可击，他对清军守住江宁信心百倍。于是，为了珍惜士兵体力，他白天催促士兵加紧行军，晚上却安排士兵休息。即便如此，管效忠的大军仍然只用了四天的时间就进驻常州。
二月十三，清军兵临镇江。清军没有攻城，也没有围城。江南副将武世权打着白旗入城谈判。