这个案子发生后，清廷十分惊恐，知道此案涉及封疆大臣的内幕亵闻，于脸面上大不光彩。因此，只能掩盖矛盾，粉饰门面。慈禧太后为了维系她摇摇欲坠的统治，亲自出面处理此案。把正在天/津处理教案的大员曾国藩，调来审理这个案件。又在曾国藩出发前夕，召见了他，面授机宜，说“马新贻办事很好”，为此案定了调子。这还不放心，一周之内，又连连派出大员参与审案。刑部尚书郑敦谨，也奉旨与曾国藩同审。经过一番紧锣密鼓，终于为张文祥定了一个“漏网发逆”和“复通海盗”的罪名，将张文祥处决，剜了张文祥的心，去祭奠这位马新贻，又厚厚地予以抚恤。一句话，马新贻是一个好官，张文祥是一个发逆。
然而，事情的真象总是难以隐瞒的，纸包不住火。大量的野史、笔记、曲，却不顾官方史家的曲笔，将马新贻被刺原委，一一公诸于众。原来，马新贻之所以官运亨通，靠的是假报军功，又结纳权贵才得来的。他在所谓的“剿匪”战斗中，原本是一个败军之将。被俘以后，又没有骨气，与“匪首”义结金兰，成了拜把兄弟。再由他的把兄弟导演一幕马新贻收复失地的闹剧，欺瞒了朝廷，以至爬上封疆大吏的宝座。飞黄腾达以后，那些拜把兄弟原以为可以攀附于他，千里迢迢来投靠。马新贻奸占了拜把兄弟的妻室，又诱杀了拜把兄弟。张文祥因偶然的原因逃脱他的魔掌，才弄出这一出刺马的大案来。由此可见，清廷所依重的大臣，渔色负友，形同qín_shòu。凡此种种，正是清廷官场**的缩影，无怪慈禧太后煞费苦心，一定要把真象掩盖起来。
此事轰动朝野，慈禧太后惊问：“这事岂不甚奇？”曾国藩诚惶诚恐地回答：“这事很奇。”更奇的是，案犯张汶祥供词闪烁，主审大员奏案含糊，期间虽有曾国藩、郑敦谨等朝廷大员复审，却始终未得真相，次年十月，张汶祥被剖腹挖心，祭奠马灵。
由于“刺马案”一拖半年之久不能结案，难免传闻四起，使此案更加扑朔迷离，后人将“刺马案”与“杨乃武与小白菜案”，“名伶杨月楼案”、“太原案”并称为“清末四大奇案”。
张汶祥为何“刺马”？清廷给出的答案是“听受海盗指使并挟私怨行刺”，“实无另有主使及知情同谋之人”。民间则众说纷纭，更有甚者，早在“刺马”尚未结案时，上/海就演出了“刺马戏”。对此，当时官场老谋之士及近现代学者却皆不以为然，他们认为，“刺马”更像是一个政治事件——功德均微的马新贻居然做上两江总督与曾国藩平起平坐，圣恩何以如此眷顾？“刺马案”刚发生便有传言揭马新贻曾遭贼俘、品行不端，难道早有预谋？据查张汶祥本是湘军，而马新贻上任后曾严厉惩治湘军游勇，案发后清廷又派“湘军老祖”曾国藩主审，这其中有何奥妙呢？
按照民间传言和演义版本，张汶祥刺马的根本缘由，是因为马新贻渔色负友，张汶祥是为友复仇。至于故事详情，最早的版本为马新贻曾与窦一虎、张汶祥结为把兄弟，始诱降，继出尔反尔，卖友求荣，杀了窦一虎并霸占其老婆。张汶祥发誓复仇，终遂其愿。值得注意的是，在《清稗类钞》中，老二窦一虎则名曹二虎。
有趣的是，在后世诸多版本当中，虽然故事大同小异，但“妻遭马占”的这个绿帽倒霉蛋不断更名，比如京剧有一个版本叫陈金威，另一个版本则是张汶祥自己。平江不肖生武侠名作《江湖奇侠传》中唤郑时，张彻的电影版名为黄纵，电视版则叫关云宝。之所以列出上述举证，并非无聊，而是想借“绿帽倒霉蛋”姓名的变迁说明“刺马”历经多年多人演义改编，文学意义早已远胜历史价值。
《刺马》的故事在民间流传已久，各个版本层出不穷，扑朔迷离。但事实上，这个故事之所以被列入“清末四大奇案”，不是因为这个故事所传达出的正义或兄弟侠义上的问题，也不是叔嫂通奸之类吸引人们眼球的花边内容，而是在于这个案子背后所隐藏着更大的政治军事秘密，据清代史料记载：太平天国十年，洪秀全聚敛无数钱财。而曾国藩攻陷天/京后收缴了全部金银。但所上缴朝廷的数额却非常之少，便有传言曾国藩有野心。于是慈僖太后先把曾国藩调离江/宁，接着召见过马新贻，升其为两江总督，之后马便在其密旨的授权下开始了对湘军的财政调查。就在马新贻即将把太平天国财富去向弄清楚的时候，“刺马”案突然发生……
不过后世的戏剧家们可不会像历史学家们那样深挖这个事件背后的隐情，民众们也对那些阴暗政治没有兴趣，反而对野史流传下来的“马新贻渔色负友”这个解释十分感兴趣。可能人们就是这般“八卦”，总对这样恩怨纠葛到有些狗血的故事兴致十足，百看不厌。
上世纪七十年代，香港邵氏电影的老牌导演张彻以这个历史事件为原型，拍摄同名电影《刺马》，由姜大卫、陈观泰、狄龙与井莉主演。整个故事围绕三个男人为一个女人反目成仇，血腥刚烈，被誉为是经典之作。
而在姜成记忆中的2007年末，香港大导演陈可辛又一次将这个传奇故事改编成电影并搬上了大银幕，且冠以“投名状”这个名字。只因除却历史背景，影片最重要的，还是剧中对恩怨纠葛兄